人民法院、人民检察院和公安机关在办理刑事案件中的互相制约是指三机关通过各自的工作发现另外机关工作中存在的问题，可提出建议要求其纠正；
通过下一阶段的工作审查前一阶段工作是否存在问题，并作出相应的处理。
具体表现：
公安机关在侦查过程中，需要逮捕犯罪嫌疑人时要经过人民检察院审查批准，对不予批准的，公安机关认为有错误的可以要求复议以及向上级人民检察院要求复核。
人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，进行审查，决定是否起诉。犯罪事实不清、证据不足的，可以退回公安机关补充侦查或自行侦查。在办理案件中发现公安机关有违法情况，通知公安机关予以纠正。
公安机关对人民检察院的决定认为有错误的，可以要求复议，以及要求上一级检察机关复核。
人民法院对人民检察院提起公诉的案件，经审判，根据具体情况和法律作出有罪、无罪的判决。人民检察院认为判决有错误的，可以提出抗诉。
对发生法律效力的判决，人民检察院认为有错误的，可以依照审判监督程序通过抗诉引起再审。
分工负责、互相配合和互相制约三者密切相关，分工负责是前提，互相配合是基础，互相制约是核心。只有分工负责，才能互相配合，互相制约；
只有互相制约才能保证办案质量。
只有在办理刑事案件中实行分工负责、互相配合、互相制约，才能发挥三机关的整体功能，既达到打击犯罪、预防犯罪和减少犯罪的目的，又防止主观片面和滥用权力，保证准确有效地适用法律，保护公民的基本权利。
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